在重庆市委市政府的指导下，重庆大学、两江新区、明月湖国际智能产业科创基地三方推动明月湖“教育+科创+产业”生态体系建设，2020年9月创建明月科创实验班，2021年10月成立学生交叉创新中心，2022年9月成立重庆卓越工程师学院，并正式入选全国10所高校牵头的国家卓越工程师学院试点单位。重庆卓越工程师学院是重庆大学新工科教育改革的示范区，与学生交叉创新中心和正在建设的科学中心，共同构成重庆大学人才培养“蜻蜓模式”。学院以面向智能网联汽车、智能制造和智能产品创新设计，通过项目制教学模式形成由专业学位硕士研究生为主，本科生和专业学位博士研究生为辅的多元化多层次培养体系，培养产业急需的产品经理、产品工程师、系统工程师等高层次人才。
卓越工程师学院基于打造项目制教学典范，建立本研贯通多层次人才培养体系，高效融合企业、科研机构和高校优质教育资源。同时，学院通过建设包括电机与控制、智能芯片、人工智能等共性技术实验室，融合动力、感知、通信、计算等供应链资源，支撑智能建造、无人机、机器人、车联网、智能C端等应用方向，并通过校企协同项目、产品孵化等具体形式推进“人才链—创新链—产业链”的深度融合。